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会影响的，毕竟格式都不对，会直接让你重新写作。 
学校规定的论文文件格式基本上都是Word，所以大家在上传论文至查重系统时，最好是上传Word格式的论文文档，这样查重系统在识别论文内容时不容易出错，同时也可以让查重结果更准确。虽然很多论文查重系统都支持多种文档格式，比如PDF、TXT等等，但是查重系统在识别这些文档内容时，并不能做到100%准确。像PDF这种图片形式的文档，会增加查重系统的识别难度，查重系统需要将图片转换成可识别的文字内容才能进行检测，这一过程可能会产生比较大的误差，甚至出现乱码，影响查重结果。所以，论文查重对格式还是有一定要求的。在进行论文查重时最好是提交Word文档，因为论文查重系统识别Word文档会更容易一些，主要也是以Word为主，这样查重系统才能准确识别论文各部分内容，排除掉不计入重复率的部分，查重结果自然比其他格式的文档要准确一些。
论文格式对查重是有影响的，例如知网检测系统是对格式有严格的要求，例如目录和参考文献，都对格式有具体要求，知网会根据目录自动将文章分章节进行检测，对重复率还是有影响的，参考文献格式也十分重要。
即将面临毕业的学生，一定有听导师说过要注意排版的论文格式，文章内容要新颖别致，切合题意，这样通过论文查重就比较容易了，务必按照学校要求的格式进行，毕竟论文格式对论文查重有影响。一、对论文查重报告总字数的影响Word排版很有可能会影响知网查重报告的总字数，因为排版正确的话，知网系统会自动识别目录、参考文献等被自动剔除不计入正文检测，从而对知网查重报告的总字数造成影响。二、对论文查重引用率的影响Word排版正确，参考文献书写规范，那么知网系统就能根据参考文献对引用内容进行识别，从而对文章的引用进行检测。三、对论文查重章节查重结果的影响Word论文排版规范，目录是自动生成目录的，系统会按照规范的目录进行分章节的检测，这样各个章节重复的信息就可以得出，这样对我们的分析报告就更有好处了。更一目了然。四、对知网查重总结果的影响word排版不规范，那么目录、参考文献等都有可能被当做正文检测，从而被标红，这样总的文字复制比例就会上升。造成这类后果的原因主要有：①参考文献识别格式不规范；②参考资料以插入方式录入。
这个论文的格式，其实很重要，不光是内容还有他的格式，这些都是最基本的，所以应该注意这些细节一定是不能出纰漏的。
大家进行毕业论文写作时，都是先写内容，再根据格式要求修改论文格式，这种方法是大家常用的，而且大多数的情况下，导师最开始要求你修改的都是论文的内容，格式先不进行要求。如果论文没问题就可以了进行排版了。如果论文的格式错误，
