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最早是弗莱明从青霉菌抑制其它细菌的生长中发现了青霉素,这对医药界来讲是一个划时代的发现。后来大量的抗生素从放线菌等的代谢产物中筛选出来。抗生素的使用在第二次世界大战中挽救了无数人的生命。一些微生物被广泛应用于工业发酵,生产乙醇、食品及各种酶制剂等;一部分微生物能够降解塑料、处理废水废气等等,并且可再生资源的潜力极大,称为环保微生物;还有一些能在极端环境中生存的微生物,例如:高温、低温、高盐、高碱以及高辐射等普通生命体不能生存的环境,依然存在着一部分微生物等等。看上去,我们发现的微生物已经很多,但实际上由于培养方式等技术手段的限制,人类现今发现的微生物还只占自然界中存在的微生物的很少一部分。微生物间的相互作用机制也相当奥秘。例如健康人肠道中即有大量细菌存在,称为正常菌群,其中包含的细菌种类高达上百种。在肠道环境中这些细菌相互依存,互惠共生。食物、有毒物质甚至药物的分解与吸收,菌群在这些过程中发挥的作用,以及细菌之间的相互作用机制还不明了。一旦菌群失调,就会引起腹泻。 
微生物在食品工业中应用很广泛,比如和我们最密切的馒头,就是微生物发酵后蒸制而成的,还有泡菜也是微生物发酵后处理一下就可以食用了。酒类也是这样:粮食经发酵后蒸馏,勾兑就成了。当然每种食品需要的菌种不同。根据需要选择最合适的菌种就是了。
太常见了。一是,微生物菌体本身就能食用,例如蘑菇。二是,利用微生物发酵,食醋,酸奶,酱油,泡菜,面包等等等等太多啦。三是利用微生物代谢产物,味精,酶制剂,色素等等