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不可以的，要等所有的科目考完了才可以申请论文，至少苏州这边是这样的，如果不确认可以去当地的自考办问一下。 
原则上必须过完所有课程才能参加实践考试或是论文答辩，但是官方也只是说是原则上的，我一个同学就是还差一门，跟报考的学校联系后，学校允许他先实践考试和论文，但在申请毕业时必须考完全部课程……具体的看主考的学校怎么说，所有的学校都不一样，你也只有联系主考学校了，态度诚恳点，好好和学校交流，或许就会让你先参加毕业设计的……希望回答对你有点用，同时，祝你早日成功……
我是安徽大学自考本科的考生，且拿到证了，当时我申请论文答辩时我还有四门没过呢，都可以了，你的怎么不行？
必须得实践课和理论课完成才能申请。有的省份是需要把理论课全部考完才可以报考论文，所以你可以在自考的时候报考论文，如果可以报上论文就说明可以申请论文，如果无法报上名说明你所在的省份，对论文的报考是有规定的需要，先把其他的理论课实践课考完才可以报论文。
