有以下缺点：首先，没有影响因子就是它第一个软肋。因为 medRxiv、bioRxiv 等预印本网站从未被 web of science 编入索引，它也区别于传统意义上的期刊，所以就没有影响因子了。其次，没有同行评审，这就导致文章质量鱼龙混杂。前一段时间，印度科学家在 BioRxiv 上发表了一篇爆炸性的论文《Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag》，把新冠肺炎疫情说成了阴谋论，随着质疑声越来越多，文章撤稿，作者道歉。这也足以说明预印本网站没有同行评审机制所带来的缺陷。这也是最初商业性的或非盈利的出版社，均不欢迎预印本的到来的原因之一。《自然》等各种科学期刊当时都表达了对它的强烈反对；《科学》的一位编辑甚至称其文章是“政府下属部门的低劣作品”。虽然，预印本的受认可度正逐步提高，但在投预印本平台之前一定要先了解好你最终发表的杂志的政策（并不是每个杂志都接受预印本的文章）。例如主要医学期刊《Molecular Biotechnology》、《Journal of Clinical Oncology》、《NEJM》与《JAMA》等期刊都已明确表示并不接收预印本文章。但与之相反，也有类似于《PSOL Generics》这样公开获取式的期刊，鼓励自己的编辑去预印本资料库中发掘值得发表的内容。截至2016年，发布在 bioRxiv 上的预印本，有三分之二后来发表在同行评议期刊上，大多数发表时间是在预印本发布后的六个月内。有42%的预印本最终在专业期刊上发表。已发表预印本数量最高的三本期刊分别是《科学报告》、eLife和 PLoS ONE ，每本的发表数量都超过了 700 篇。那么预印本网站能否比肩传统的学术出版形式，占据学术出版的一席之地，这还需要时间去考证。
