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在论文中如果你引用了书中的一句话或者一小段话，就需要用注释标出来 而参考文献则是指你为了写论文参考了那些书籍资料或者你的论文涉及到那些文献 
如果论文中某句话是直接引用别人论文的内容，就加注释。如果在写论文过程中看了别人的文章并有所启发，但没有直接引用别人的观点，那就加参考文献。一般注释需在正文中有序号与之一一对应，但参考文献只需在文章最后列出所有你在写文章时参考过的文章即可。
注释是对文章中细节问题的解释说明，不等同于名词解释，与名词解释有相同之处，但不完全相同。参考文献是指论文写作过程中参考过、借鉴过、引用过哪些资料，资料的来源。注释一般在每一页的底部，当然也可以放在文章的结尾。参考文献则一定是在文章的结尾。此外，数字符号也不一样，注意区分。
关于二者的区别，《中国学术期刊(光盘版)技术标准规范》明确从内容、形式、编排位置等方面试图对二者做出区分。“参考文献是作者写作论著时所参考的文献书目，一般集中列表于文未;注释是对论著正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明，一般排印在该页地脚。参考文献序号用方括号标注，而注释用数字加圆圈标注(如①、②)。”这种规定，努力将二者区分开来，在实际写作中也具有较强的可操作性，并在实际操作中常常出现这样两种情况：一是引文一律被当作参考文献处理，二是论文中的注释极少或者说大多没有。
