难忆微雨
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南京医科大学基本很多方面强过南中医大,南京中医药大学也有少数强过南医的。推荐:当你选择医学的时候,请选择南医。除非你想学中医,那南中医就是首选。而且这两所在上古时期也是一家,渊源深厚。(而且还有另外一种问法:药大和南中医谁好?答案也差不多,药大稳胜,想药学请去药大,学中药来南中医。南中医真是稳稳的南京医药圈第3,在中医药大学圈也是第3,可真难受。)看牌子:南中医(双一流学科)>南医(四非)论实力:南医(顶尖211)>南中医(双一流学科)南医没有985,211,双一流的牌子,但其实力我认为单论可以算是顶尖211,估计在第二次双一流评选很大可能就会入选。南中医也没有985,211的牌子,但2017年凭借中药学进入双一流,与其他学校比估计是坐稳了末尾双一流的宝座。看排名:南医>南中医选了软科,其他几个排行榜我就不找了,因为结果都一样。2020中国医药类大学排名:南医第3,南中医第14 
南京中医药大学用的是五版教材,上海科学技术出版社的,主编:印会河;副主编:张伯讷。1984年第1版。是绿色封面,黑色字,外面黄色花边的,不好意思,没有图片。其他中医院校不清楚,有的用7版教材,就是新世纪教材。
这两个链接说的就是是专业型研究生和学术型研究生的本质区别,不论什么专业都是一样的。至于公费自费的话,一般来说学术型公费研究生的比例大,很多高校现在是排名次决定你能不能享受公费待遇,还有一部分高校已经改成奖学金制的实质也是排名。得高分就排到前面就能公费。专业型的公费的少,但是也有学校是公费的。这个你可以给学校招生办打电话问问。
南京医科大学不仅仅是比南京中医药大学好一点,不知道要好多少点。我可以这样告诉你,中医的博士生将来的前途和西医的本科生差不多,甚至还不如本科生。我有发言权,因为我是学中医的,谁学了中医,谁将来会后悔一辈子的!