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我觉得有必要把原始数据整理后以附件形式附到论文后面,因为是附件形式,对理解能力强的人,他不需要去阅读后面的附件,但对于水平相对差一些、想进一步了解过程的人则有帮助,况且你也提到了,自己将来阅读起来也更方便。 
最好不要原始数据。事实上,任何高质量的论文都要做大量的实验和海量的数据,分析结果也是在此基础上优化出来的,才是最科学的。试想,高质量的期刊论文都没有放原始数据的传统,研究生论文也是如此。当然,如果你认为有些数据和分析结果关联性很强,也可以加个附录附上,最好不要长篇大论。
论文的过程,提出问题——分析问题——解决问题,分析问题方法有很多,可以用经验分析,也可以用实证分析,其中经验分析适用于领域大牛,我们普通人用数据分析、实证分析会更容易提高论文档次,因为通过数据分析问题是客观的。