physky
硕士时论文有问题肯定会影响博士学位的,只是影响不会太大。 
同一学科门类可以,研究生毕业拿到硕士学位后可以跨专业跨学校考博士,不过要自己联系导师,还要拿到专家推荐书等等。
博士毕业条件是你需要写出高质量论文并发表。如果你读博士换专业,你有没有足够的学术积累来支撑高质量论文的完成呢?有一些硕博连读学生,从研一开始就为博士论文做准备了。不是不可以,而是为之后毕业考虑,最好不要换专业。当然,如果专业相近也不是不可以;或者很有门路你懂的。
意思就是论文不合格,需要重新准备博士毕业没有那么简单了论文需要更多的事实论据所以还是要多做调研的