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应用理论研究是理论研究，理论研究和应用研究就有区别了。无所谓哪个论文好些，关键你擅长写哪种，即你拥有的资源方便写哪个。如果“一穷二白”，那还是应用研究吧。理论研究要求的“功底”更深。 
基础研究:为获得现象和可观察事实的基本原理的新知识(揭示客观事物运动的基本规律，获得新发现、新理论)，而进行的实验研究或理论研究，没有任何专门或具体的应用或用途 。应用研究:指方向相对明确，成果可以在较短时间内用于实现产业技术突破的基础研究。
研究目的不同：基础研究是弄清基本的概念基本的方法，应用研究是弄清具体的问题如何为具体对象服务。
首先基础的研究只是一个起步的阶段，还不能适用于临床，而且还在科研的阶段，应用的研究是可以进入临床试验，可以达到临床的试验，而且有初步的效果，还有对药物有修复的研究，这两者最本质的区别就是什么时候可以适用于人体研究。
