chushixiyu
两者区别很大，容易被非学术人士误解。很多回答不够简明，通俗地说： 期刊论文（Journal paper）：需要同行评审（peer review），通过率低，重要性较高。 会议论文（Conference paper）：不需要评审，通过率高，重要性较低。一般来说：期刊论文重要性远大于会议论文。SCI、EI等论文，都是指期刊论文。在国内外一流高等学府，获得博士学位、高校职称评定、学术声望等，主要都是依据期刊论文的数量及质量。许多博士学生无法顺利取得博士学位、中退肄业，主要原因都是期刊论文的数量不足。 
这个没有办法比较，需要给出具体的会议及期刊名，比如：你在世界级的www会议上发表一篇English论文A 一般计算机期刊上发表English论文B当然A > B 当然对你所说的，国内对EI收录相当看重，所以我想最好在核实核心期刊以及会议那个会被EI收录。
不同专业可能有所不同。我是工科。个人经验，都是比较差的数据才会拿去投会议，因为会议，只要交报名费，肯定是会收的。所以感觉水平第一点。当然会议论文里也有很好的文章。但是如果这个会议没有被杂志收录，将来被检索到的机会就比较小了。你的文章，不就浪费了吗？
