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一般情况下只是查正文,但是也有的查摘要的,这个每个学校不太一样,查重率要求也不一样,你可以先问问院办你们学校的标准,然后在进行查重,有的查重软件也不一样的,多数以知网为准,但是查重率标准不一样的,希望采纳 
现在无论学位论文还是期刊发表,学校和杂志社都要求重复率低于一定的百分比,必须查重,即使自己写但别人早就写过同样语句或者你写的潜意识是你看过学过的内容注定部分要重复,所以论文查重必须要执行。一般论文查重就是按照一定程序算法和论文数据库比对。目前国内专业做数据库出身的都开发了论文查重系统,比如知网 维普 paperdatas 等
论文正文是硕士论文查重的必要部分,其次,摘要、结论、致谢等内容都是需要检测的,在学校进行知网查重,像论文的封面、声明、参考文献等部分
论文查重,即查重复率,也就是文字复制比,是高校对学术不端文献的检测。当你将论文上传到检测框后,数据库就会开始进行检索,先提取其中的相似片段,然后进行反复的对比,根据对比结果中的重复段落提供检测报告,直接指明论文的重复率(重复率就是重复字数在整篇文章字数中的比值)。目前市面上论文查重比较好的有paperyy、笔杆网、paperpass等。