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最好的，做一个学生成绩管理系统。这个相对来说，需求比较明确，网上可以参考的资料也多，基本上能覆盖到很多知识点，做一做，对自己也有很大的提升。 
不是计算机专业毕设能做网站吗，电子商务专业吗？如果你真的能做一个有会员，有支付，有后台管理的整套网站，那完全可以啊。其他的话你也可以写个社交，门户，应用类型的网站 。你可以造个轮子，写个框架或是楼上说的干脆实现个基于socket的服务器，就像tomcat那样的，很简单的（认真脸）。
可以做很多，主要是做一些网站类型的，如果是你个人完成的毕业设计的话，可以做一些复杂点的静态网页，比如做一个商城网站，后台管理网站，小程序，移动端app等，如果能力好的，会nodejs的，可以自己结合做一个后端。如果需要帮助，我可以有偿帮你做一个
