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注释与参考文献是学术论文必不可少的组成部分，也是学术论文写作中的规范要求之一。但是，在日常的论文写作中，有些作者往往把二者相混淆。例如有的不加区分地将它们混在一起；有的虽然有区分，但区分不正确；有的图省事，干脆只列一种代替另一种，等等。注释和参考文献无论在功能上还是在著录格式上，都有明显区别。 一、性质和功能上的不同。注释的功能主要有四个方面：一是解释题目或说明论文的写作缘起，及背景情况；二是说明引文资料的来源和出处；三是对正文表述不完善而又不便于在正文中作进一步说明的内容加以补充、解释和说明；四是对正文中艰深、生僻的内容或词句给予必要的解释或说明。而参考文献则是在论文的写作时，对所参考的文献的深度与广度的标示。因此，二者在性质和功能上是有明显区别的。二、著录形式上的不同。注释(文末注除外)一般列于篇首页地脚处，不加序号；而参考文献(夹注除外)则多采用文末注，并且按文献的重要程度或先后顺序编排序号。引文出处注释(除篇名注、作者注、收稿日期注之外)一般是对某一论点、某一资料所作的征引，必须注明资料的准确来源和出处；而参考文献则是对某一论文从整体上的参考或借鉴，一般无须注明章节、页码等具体出处。另外，引文出处注释根据论文写作的需要，可对一份文献多次引用并多次注明，而参考文献则只需在文末作一次性注明即可。 
关于二者的区别，《中国学术期刊(光盘版)技术标准规范》明确从内容、形式、编排位置等方面试图对二者做出区分。“参考文献是作者写作论著时所参考的文献书目，一般集中列表于文未;注释是对论著正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明，一般排印在该页地脚。参考文献序号用方括号标注，而注释用数字加圆圈标注(如①、②)。”这种规定，努力将二者区分开来，在实际写作中也具有较强的可操作性，并在实际操作中常常出现这样两种情况：一是引文一律被当作参考文献处理，二是论文中的注释极少或者说大多没有。
