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目前，实验室形成了四个主要研究方向：1、畜禽重要性状遗传规律与种质资源创新；2、畜禽分子生物学与育种；3、畜禽生殖生物学与生物技术；4、淡水水生动物遗传资源与繁育。（华中农业大学 动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室） 
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动物繁殖学主要研究繁殖理论、繁殖技术、繁殖管理、繁殖障碍及其防治。 动物生殖生活有性别分化、性发育、性行为、雄性动物精子发生、射精、雌性动物卵泡发育和排卵、受精、胚胎发育与妊娠、分娩、泌乳等，动物繁殖理论主要研究这些生殖活动的发生、发展规律及其调控机理，并对生殖器官和生殖细胞的形态结构和生化特性进行描述与分析，为开发防治繁殖障碍、提高动物繁殖效率的新技术提供理论依据。动物生殖生理学和生殖病理学的研究内容，主要涉及动物繁殖学的理论部分。内分泌学主要研究调控生殖、消化、代谢、生长、泌乳、血液循环和神经等系统的微量生物活性物质结构与功能关系。生殖内分泌学既是动物生殖生理学的重要研究内容，又是内分泌学中研究动物生殖活动调控物质及其调控规律的科学。由于动物机体各器官系统之间相互作用，构成有机整体，所以内分泌学、生殖内分泌学与神经内分泌学之间既有区别，又有联系。生殖免疫学(reproductive immunology)或免疫繁殖学(immunological reproduction)是动物繁殖学近期发展起来的新分支，主要研究动物生殖活动中的免疫调节规律和免疫学技术在提高动物繁殖效率、检测动物繁殖激素、防治动物繁殖疾病等方面的应用，因而包含理论和技术两部分内容。 主要从畜牧学角度分析动物繁殖障碍的发病率和病因、探讨防治繁殖障碍的方法与技术措施。这部分内容与兽医产科学有交叉，主要区别在于兽医产科学从动物医学角度，注重动物个体生殖疾病的预防与治疗，而动物繁殖学则从畜牧学角度探讨引起动物发生繁殖障碍的原因及其防治措施。
