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如果你的参考文献格式正确那么系统会自动识别并且剔除不参与正文查重。参考文献标红就说明你的格式有误。系统把你的参考文献当正文来对比查重了。希望可以帮到你，有问题随时追问我吧。 
在“学术不端网”上一个帖子“知网查重如何正确标明引用”，说明了必须同时满足以上4个条件才有可能检测到引用（少数系统自动识别引用除外）。值得说明的是对于知网查重来说，总文字复制比包括抄袭率和引用率，也就是说不管是引用还是抄袭都算重复率的。因此并不需要太刻意的添加引用。加和不加引用不影响知网查重总结果。适当标明引用可以显的文章高水平，使论据确凿充分，增强说服力，富启发性。但也不能过度引用。
参考文献标红就说明你的格式有误。按照字面的意思，参考文献是文章或著作等写作过程中参考过的文献。然而，按照GB/T 7714-2015《信息与文献 参考文献著录规则》”的定义，文后参考文献是指：“为撰写或编辑论文和著作而引用的有关文献信息资源。根据《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范（试行）》和《中国高等学校社会科学学报编排规范（修订版）》的要求，很多刊物对参考文献和注释作出区分，将注释规定为“对正文中某一内容作进一步解释或补充说明的文字”，列于文末并与参考文献分列或置于当页脚地。1、参考文献标注的位置。2、参考文献标标注方法和规则。3、参考文献标标注的格式。2007年8月20日在清华大学召开的“综合性人文社会科学学术期刊编排规范研讨会”决定，2008年起开始部分刊物开始执行新的规范“综合性期刊文献引证技术规范”。该技术规范概括了文献引证的“注释”体例和“著者—出版年”体例。不再使用“参考文献”的说法。这两类文献著录或引证规范在中国影响较大，后者主要在层次较高的人文社会科学学术期刊中得到了应用。
