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海洋底栖生物同人类的关系十分密切，许多底栖生物可供食用，是渔业采捕或养殖的对象，具有重要的经济价值。其中最重要的是虾蟹类、双壳类、鲆鲽类和各种经济海藻等。全世界海洋每年约生产 300多万吨虾蟹和数量稍少的贝类。中国的海岸带和浅海区的经济底栖生物有相当大的产量，如黄海的对虾年产几万吨，梭子蟹年产几万吨，毛蚶、蛤仔、文蚶、四角蛤蜊和牡蛎每年产十多万吨。虾、蟹、贝类和海带、紫菜等还是重要的水产养殖对象，70年代以来海水养殖生产发展很快。中国对虾的养殖产量1984年达2万吨。更多的底栖生物是经济鱼类、虾类的天然饵料，它们在海洋食物链中是相当重要的一环，其数量的多少影响着经济鱼、虾资源的数量和渔业的发展。不少底栖生物是提取药物的原料，如柳珊瑚类中可提取前列腺素，鲍、珍珠、海人草等是传统的中药原料。许多底栖生物是经济鱼、虾、贝、藻的病敌害生物，一些污着和钻孔生物对人类直接或间接有害。 
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