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软件著作权是证明文件 不会和发表论文起冲突 不过我建议还是和著作权人沟通一下 
专利申请前发表论文对专利申请有直接的负面影响,而申请专利并不影响申请后论文的发表。从专利新颖性的角度考虑,慎重选择论文发表的时间,确保申请专利在先论文发表在后是非常重要的,只有这样做,专利的新颖性和创造性才不受影响,使得科研论文成果得到著作权和专利权的双重保护。在发表论文的时候,一是要注意保护好技术秘密,你不能去发表虚假的科研论文,但是你可以选择不发表这些敏感的数据;二是要注意尽量避开与专利发表主题的重合,论文可重点对研究成果进行理论分析和取得的应用效果上进行科学的总结,回避专利将要保护的结构上、过程上的方法上的内容。
我是一名刚毕业不久的大学生。我在大四时,参与导师的研究项目,并据此完成了学位论文的撰写。同时撰写了一篇小论文投至某刊物并已发表(因其他原因,我的同事是第一作者,我是第二作者)。近日我又得知我的导师也根据我的论文相关研究成果撰写了一篇小论文并准备发表(导师是第一作者,我是第二作者)。导师要求我与杂志社联系要求退掉我已经发表的那篇稿子,他的要求合理吗?我这属于一稿多投吗?