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具体要看 学校的规定了,可以问问上届或者看看有没有相关规定我空间博文有最详细的论文检测软件介绍 还有各种有效的论文修改秘籍参考文献和脚注是不一样的 
方式一即使文中引用处用了括号(),在论文最后的参考文献中也需要列出文献明细的;方式二也可采用。不过你说的这两种一般在论文发表时用的较多,发表的文章毕竟篇幅有限。在学位论文中,尤其是研究生学位论文,篇幅较多,这样标注就会比较乱,用的较多的是内容页以脚注的形式对该页引用和参考借鉴的内容进行注释,最后在“参考文献”处详文献明细,如果参考文献很多,还要分门别类归纳,具体的应该参见学校的模板要求,像学位论文这种各个学校都有各自的模板说明。