墩子1127
看你是什么图，一般的可以用word有的用到AutoCAD CAXA 
普通的毕业流程图，用Microsoft Office Visio，我的毕业设计论文用的Microsoft Office Visio 2003，更多怎么画、论文插图教程直接在附件，因为图太多了、字数太多了，就不举例了。
你说的是论证图吧，大部分是用Visio做的，还有更专业的是用专门的论证图软件（英文居多）。其实软件只是辅助，主要还是自己有明确的逻辑思路，思路明晰了，用word都可以画出漂亮的论证图的。
排版，文字排版Word、数学公式Mathtype、文献管理Endnote画图，看你那个学科、画什么图了。统计图，理科一般用Origin，社科类一般是SPSS
