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注释与参考文献是学术论文必不可少的组成部分，也是学术论文写作中的规范要求之一。但是，在日常的论文写作中，有些作者往往把二者相混淆。例如有的不加区分地将它们混在一起；有的虽然有区分，但区分不正确；有的图省事，干脆只列一种代替另一种，等等。注释和参考文献无论在功能上还是在著录格式上，都有明显区别。 一、性质和功能上的不同。注释的功能主要有四个方面：一是解释题目或说明论文的写作缘起，及背景情况；二是说明引文资料的来源和出处；三是对正文表述不完善而又不便于在正文中作进一步说明的内容加以补充、解释和说明；四是对正文中艰深、生僻的内容或词句给予必要的解释或说明。而参考文献则是在论文的写作时，对所参考的文献的深度与广度的标示。因此，二者在性质和功能上是有明显区别的。二、著录形式上的不同。注释(文末注除外)一般列于篇首页地脚处，不加序号；而参考文献(夹注除外)则多采用文末注，并且按文献的重要程度或先后顺序编排序号。引文出处注释(除篇名注、作者注、收稿日期注之外)一般是对某一论点、某一资料所作的征引，必须注明资料的准确来源和出处；而参考文献则是对某一论文从整体上的参考或借鉴，一般无须注明章节、页码等具体出处。另外，引文出处注释根据论文写作的需要，可对一份文献多次引用并多次注明，而参考文献则只需在文末作一次性注明即可。 
参考文献格式：作者题名[D]所在城市:保存单位，发布年份李琳住院烧伤患者综合健康状况及其影响因素研究[D]福州:福建医科大学，其他的：作者题名[J]刊名，年，卷(期):起止页码沈平，彭湘粤，黎晓静，等临床路径应用于婴幼儿呼吸道异物手术后的效果[J]中华护理杂志，2012，47(10):930-作者书名[M] 版次出版地: 出版者，出版年:起止页码胡雁护理研究[M]第4版北京:人民卫生出版社，2012:作者题名[N]报纸名，出版日期(版次)丁文祥数字革命与国际竞争[N]中国青年报，2000-11-20(15)作者题名[EB/OL]网址，发表日期/引用日期(任选)世界卫生组织关于患者安全的10个事实 [EB/OL]其他： [R]、[P]、[A]、[C]、[Z]等。
注释是作者自己对这个术语或概念的详细解释，用来向不了解这类话题的人解释。与参考文献引用的不同之处在于，参考文献必须是别人论文的结果或内容，无非是直接或间接的，注释更多的是作者自己的解释。注释是对论文标题、作者和稿件中具体内容的必要补充、解释和说明。标题的注释包括论文背景、项目审批项目、基金项目等的说明。如果是一系列论文，应说明之前发表的论文标题、报纸、时间（期限），供读者查看。作者的注释，即作者简介，包括姓名、性别、工作单位或地址、职称、学位、邮政编码等。标题和作者的注释通常放在论文的主页上。
注释，著作权法术语，指对文字作品中的字、词、句进行解释。目的是为了让别人和自己很容易看懂。为了让别人一看就知道这段代码是做什么用的对书籍或文章的语汇、内容、背景、引文作介绍、评议的文字。包含的内容很广。诸凡字词音义、时间地点、人物事迹、典故出处、时代背景都是注释对象。有脚注、篇末注、夹注等形式。古籍注释列在正文之中，有双行夹注和夹注。现代书籍注释列于正文当页之下，称脚注，亦称本面注；列于文章之后或列于书籍之后者称篇末注。 参考文献，著作权法术语，指撰写或编辑论著而引用的有关图书资料称之为参考文献，参考文献是出版物不可缺少的重要组成部分。凡引用前人或他人的观点、数据和材料等都要在文中出现的地方标明，并在文末或书末列出，这项工作叫参考文献。
