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青藏高原研究所的研究方向：进一步明确了近阶段的主要科研任务；按照新的体制和模式，经院党组决定，新组建的研究单元之一。中央机构编制委员会办公室复字〔2003〕165号文件《关于中国科学院青藏高原研究所等单位机构编制的批复》，正式批准了青藏高原研究所的成立 。青藏所实行“一所三地”的特殊运作方式，分别在拉萨、北京、昆明设“部”。其中，拉萨部主要负责野外实验研究和支撑系统台站的运行与管理；北京部主要负责建立高水平的研究室和开展室内科研工作，以及提供便利的国际学术交流舞台，吸引国际一流研究人才，组建具有国际水平和创新能力的科研队伍等工作；昆明部主要负责开展极端环境生物种质资源研究和建立种质资源库等工作。2003年10月，。随后，批复了青藏所《关于上报创新人员编制组成的报告》。为搭建一支与国际化研究机构相适应的队伍，研究所本着“立足高原，研究高原”的宗旨，在人员招聘中，始终坚持“高标准、严要求，宁缺勿滥”的原则，组建了管理队伍，并招聘了第一批研究员、副研究员来所工作。研究所计划面向社会，持续、公开招聘优秀研究人员来所工作，不断的加强科研队伍建设工作。2004年，计划招生18位博士生、12位硕士生，并已经完成了博士、硕士点的申报工作。2003年12月31日，中国科学院发了科发人教字〔2003〕374号文件《关于成立中国科学院青藏高原研究所等四个单位的通知》文件，确定青藏高原研究所的研究方向是：围绕青藏高原隆升过程及其对亚洲和北半球气候环境影响这一核心科学问题，研究青藏高原地球动力、地表过程与环境变化和极端环境下生物的生态适应性及生物遗传资源等若干领域的国际前沿科学问题，做出独创性的、有重大国际影响的新成果，为适应和改善东亚地区人类生存环境服务。青藏高原研究所的主要任务是：受中国科学院委托，站在国家青藏高原研究重大科学问题需求的高度，组织围绕青藏高原研究的综合项目和计划，协调有关青藏高原研究的长期科研活动，有意识地促进各部门（单位）间优势力量的联合。调动国内外积极因素，充分利用现有资源，有力地推动青藏高原科学研究的发展。在支撑平台方面，加强数据采集平台建设，加强有特色、高水平的实验室建设，组建一支具有国际水平和创新能力的科研队伍，将青藏高原研究所建设成为开放型的、组织管理与国际接轨的国际一流水平的研究机构，逐步成为国际青藏高原研究的中心。科学目标是：通过第一手原始数据和国际前沿的研究手段，在青藏高原岩石圈结构与演化、青藏高原环境演变与全球变化、青藏高原地表与大气过程、生物遗传资源等方面形成原创性的具有重大国际影响的研究成果，持续产出有重要影响的研究论文，形成国际一流的科研团队，建成国际青藏高原研究中心。研究所还进一步明确了主要科研任务。建所以来，我所获得了院重要方向项目“青藏高原全新世以来的环境变化与生态系统关系研究”、“青藏高原北部陆内俯冲与造山作用”等重大项目，获得了国家基金委及中科院院长基金的资助，获准5位“百人计划”名额，具体申报工作正在进行。研究所继续在积极组织申请973项目、杰出青年基金、自然科学基金等项目，通过各种渠道争取院外经费的支持。我所成功承办了“全国人大副委员长、中科院院长路甬祥一行西藏考察活动”和“青藏高原综合科学考察研究30年”“第四届青藏高原国际学术研讨会”等学术活动，树立了研究所开展青藏高原研究学术活动的地位。青藏高原研究所自成立以来，坚定不移地贯彻执行院制定的办所方针，加强国际合作与交流，取得了重要进展。研究所瞄准国际化研究所的办所思路，定期策划、筹备青藏高原国际学术研讨会；2002年，路甬祥院长就与德国马普学会Markl主席达成共识，并提议由我院（CAS）、马普学会（MPG）和德意志研究联合会（DFG）共同成立一个伙伴计划（Partner Program），筹划青藏所建所方案等问题，并在将来共同开展纯科学的合作研究。我所将积极推动“2+2”方案，加快国际化研究所建设进程；加强与美国、日本、欧盟等国的联系与合作，进行国际合作研究项目的论证，共同开展青藏高原研究，不断推进我所的国际化进程。 
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