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如果论文中某句话是直接引用别人论文的内容，就加注释。如果在写论文过程中看了别人的文章并有所启发，但没有直接引用别人的观点，那就加参考文献。一般注释需在正文中有序号与之一一对应，但参考文献只需在文章最后列出所有你在写文章时参考过的文章即可。 
脚注就是可以附在文章页面的最底端的，对某些东西加以说明，印在书页下端的注文。参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。按照字面的意思，参考文献是文章或著作等写作过程中参考过的文献。然而，按照GB/T 7714—2005《文后参考文献著录规则》的定义，文后参考文献是指：“为撰写或编辑论文和著作而引用的有关文献信息资源。”根据《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范（试行）》和《中国高等学校社会科学学报编排规范（修订版）》的要求，很多刊物对参考文献和注释作出区分，将注释规定为“对正文中某一内容作进一步解释或补充说明的文字”，列于文末并与参考文献分列或置于当页脚地。
脚注是指你文章但中完全引用别人的东西，而参考是你看了那些资料对你写论文有启发的有帮助的。脚注是标注在每一页的下面，参考文献是放在论文后面的。
注释是对论文中不详细的地方进行的解释，为了不影响篇幅所以单独列出引用是指论文中引用别人的观点，尊重知识产权，也为了不负责任，所以标明参考文献是指本文写作过程中所学习过的文献。注释一般放在说明位置，以括号标明。引用在论文中间标序号，然后在当页的页脚标出，也是脚注，参考文献列在论文的最后。
参考文献是引用人家已发表的观点或者文章或者实验结果等，需要在引用的那段话后面加[1][2]这样的上标，然后文章末尾列“参考文献”时与文中的上标相对应。脚注一般在文章第一页，在正文部分的左下侧，是写作者的个人信息，例如作者，哪里人等信息或通讯作者的信息，这篇发表的这篇文章是哪个项目或者基金的组成部分。你可以下载一篇已发表的文章进行对照比较，就很容易懂了！
