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论文脚注与参考文献不需要对应，二者是不同的，在写论文时可以用不同的字体来区分，也可以用特殊的符号标注。脚注就是可以附在文章页面的最底端的，对某些东西加以说明，印在书页下端的注文。参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。 
注释一般都在当页的下方，参考文献的顺序一般都是论文中的引用顺序，也有特殊情况，有的期刊要求按照字母表的顺序。
注释是对论文中不详细的地方进行的解释，为了不影响篇幅所以单独列出引用是指论文中引用别人的观点，尊重知识产权，也为了不负责任，所以标明参考文献是指本文写作过程中所学习过的文献。注释一般放在说明位置，以括号标明。引用在论文中间标序号，然后在当页的页脚标出，也是脚注，参考文献列在论文的最后。
脚注或尾注内容一样，任选其中一种使用，没必要重复。脚注或尾注哪个都不能代表参考文献。参考文献要单独列出。一般，所列参考文献应是正式出版物，以便读者考证。脚注或尾注还可以是对正文引注内容的进一步解释或说明，或名词术语的定义等。一篇论文的参考文献是将论文写作中可参考的、资料，参考文献是论文在研究和写作过程中参考过的那些与论文内容密切相关的主要文献资料和资料的来源。参考文献应另起一页列于论文的末尾，其中所列出的一般应限于作者直接阅读过、借鉴过、引用过的、最主要的、发表在正式出版物上的文献，包括书、文章，引用过的原话等。私人通信和未公开发表的资料，一般不宜列入参考文献，但可紧跟在引用的内容之后作脚注或尾注。
