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研究论文主要是收集数据，通过一定的方法进行假设的检验，展示结果，讨论。这也是研究论文最常见的格式。研究论文最核心的内容，就是原创性和新的知识。因为这是人们从科学领域获得并且记录新知识的最重要方式。方法和技术论文这种论文一般介绍新的软件或者新的方法、新的工作流程或数据标准，如Darwin Core数据交换标准，植物标本图像采集的流程和具体要求等。生态学中常用的vegan程序包，分子系统学中建立进化树的RAxML软件，作者都撰写了相应的论文。论文中介绍软件研发的背景、目的，实现的主要功能以及和其他软件相比的优势等，一般还会提供一个或者几个研究实例。如果软件或算法得到的了广泛关注，文章的引用率往往会很高。 数据论文一般只介绍数据以及数据采集和生成的过程，或者标准化的过程，并提供初步的统计图表等。例如介绍CHELSA气候图层的论文，介绍植物功能性状数据库TRY的论文等。一般来说，数据都在Dryad， Figshare， Github等网站，或者专门设立网站将数据公开。这类论文可能比较短，而且不包括对数据的深入分析。数据论文也可能是某地区的生物多样性编目，如某地区的物种名录及其濒危等级评估等。 综述综述是对某一个领域的研究现状进行总结、评述和展望的论文。国际上的主流学术期刊，一般以研究性论文为主，但也会发表少量综述，一般为约稿。部分期刊，如Trends in Ecology and Evolution， Annual Reviews上的论文以综述为主。这些论文，大多是某学者取得很高的学术声望后，由期刊的编辑发邀请函，请该学者围绕领域内的某一问题撰写的。综述论文往往涉及大量文献。一般的研究论文，参考文献数量很少超过100篇， 且一般在80篇以下，而综述性论文，为了详细介绍研究进展等，往往从学科的历史、现状、问题、展望等多方面进行论述，因此参考文献也较一般的研究论文多得多。阅读好的综述论文，有助于快速了解某一个领域的动态，把握学科的发展方向，也能帮忙快速找到以前忽略的重要文献，因此是了解某一领域的首选。 观点述评一般是学者对某一研究进展，或者现象表达个人观点的论文，在一定程度上接近综述，但由于篇幅所限，很难展示某一领域的全貌。一般来说，对某一问题持不同观点的学者， 可能在期刊的同一期，或者附近的几期内刊登论文。例如植物分类学家Maarten J M Christenhusz将蕨类植物的属名分类系统进行了大量合并，而一些蕨类专家对此持反对态度，因此在Taxon杂志上发表论文互相驳斥对方的观点。观点述评一类的论文，当然也要用数据支撑自己的观点，做到有理有据。 编者按一般是主编对某一期的若干篇论文进行简要的评述，也可能是基于该期发表的论文做进一步的呼吁（如怎样有效保护野生动植物）等。编者按一般是期刊编委会成员或者特邀编委撰写的，对于了解学科动态有一定的指导意义。 meta分析一般是从不同的研究论文提取数据， 再进一步分析，一般也进行假说检验，形式上介于研究论文和综述之间 
学位论文 ——Degree Thesis (Dissertation) 学位论文包括学士学位论文(batchelor 选题(开题)报告 ——Research proposal 硕士生和博士生一般需要提交选题报告选题报告一般包含研究背景标准研究论文 ——Regular Article， Standard Article 这是最常见的原创论文形式综述文章 ——Review paper 综述论文往往由编辑依据他人推荐邀请作者，但也存在自我推荐的情况一、按照研究领域来划分从研究领域来划分，可分为社会科学论文和自然科学论文。二、按照研究方式来划分从研究方式来划分，可以分为描述性论文、综述型论文和应用型论文。三、按照论文形式来划分从论文形式来看，可划分为学期或学年论文、学科论文、学位论文、调查报告、实习报告和研究论文等。四、按照专业领域来划分从学科专业领域来看，主要有哲学、经济学、文学、政治学、行政学、数学和物理学等学科专业论文。
根据不同的标准，学术论文有不同的归类。从选题的属性分，有基础理论研究论文和应用研究论文:从学科内容分，有一般学术论文和规范性学术论文(学位论文);从写作方法、表述特点分，有评论型论文、评述型论文、论述型论文。
内容提要是 文章主要内容的摘录，要求短、精、完整。关键词定义关键词是从论文的题名、提要和 正文中选取出来的，是对表述论文的中心内容有实质意义的词汇。关键词是用作计算机系统标引论文内容特征的词语，便于信息系统汇集，以供读者检索。每篇论文一般选取3-8个词汇作为关键词，另起一行，排在“提要”的左下方。 主题词是经过规范化的词，在确定主题词时，要对论文进行主题分析，依照标引和组配规则转换成主题词表中的规范词语。（参见《 汉语主题词表》和《世界汉语主题词表》）。论文正文（1） 引言：引言又称前言、序言和导言，用在论文的开头。引言一般要概括地写出作者意图，说明选题的目的和意义， 并指出论文写作的范围。引言要短小精悍、紧扣主题。 〈2）论文正文：正文是论文的主体，正文应包括论点、论据、论证过程和结论。主体部分包括以下内容： 提出问题- 论点； 分析问题-论据和论证； 解决问题-论证方法与步骤； 结论。参考文献一篇论文的参考文献是将论文在研究和写作中可参考或引证的主要文献资料，列于论文的末尾。参考文献应另起一页，标注方式按《GB7714-87文后参考文献著录规则》进行。
第一种分类，是学位论文，也是影响是否能拿到学位的最关键的论文，主要是本科学位论文、硕士学位论文、博士学位论文。主要字数大概在三到五万字左右。第二种分类，是期刊论文，期刊又分为普刊、核心期刊、英文期刊(sci、ssci)，难度依次增加，普刊字数大概在三到五千字，主要以理论描述和观点阐释为主，偶尔也会有实证辅助。核心期刊一般在8000字左右，不同的期刊有不同的论文风格，需要根据实际情况进行具体分析。英文期刊，字数跟中文差不多，如果从理论或实证上来看，难度并不大，其主要的门槛是翻译，如果可以信达雅的翻译出观点和做实证分析，发一篇英语论文不是难度很大的事情，主要看英文期刊的分区情况。第三种就是学期中的小论文，这个主要是为毕业论文练手的，基本上能发期刊论文的话，这种论文也就不在话下了。第四种分类，按照论文的性质，有纯理论阐述观点的论文，有需要实际数据验证的实证论文，有需要实验数据的实验论文，还有纯理论推导证明的论文。
摘要根据内容的不同， 摘要可分为以下三大类: 报道性摘要、指示性摘要和报道，指示性摘要 (1) 报道性摘要(informative abstract): 也常称作信息性摘要或资料性摘要， 其特点是全面、简要地概括论文的目的、方法、主要数据和结论 通常， 这种摘要可以部分地取代阅读全文 (2) 指示性摘要 (indicative abstract): 也常称为说明性摘要、描述性摘要(descriptive abstract)或论点摘要(topic abstract)， 一般只用二三句话概括论文的主题， 而不涉及论据和结论， 多用于综述、会议报告等 该类摘要可用于帮助潜在的读者来决定是否需要阅读全文 (3) 报道-指示性摘要(informative-indicative abstract): 以报道性摘要的形式表述一次文献中的信息价值较高的部分， 以指示性摘要的形式表述其余部分
