依依呀呀
两者区别很大，容易被非学术人士误解。很多回答不够简明，通俗地说： 期刊论文（Journal paper）：需要同行评审（peer review），通过率低，重要性较高。 会议论文（Conference paper）：不需要评审，通过率高，重要性较低。一般来说：期刊论文重要性远大于会议论文。SCI、EI等论文，都是指期刊论文。在国内外一流高等学府，获得博士学位、高校职称评定、学术声望等，主要都是依据期刊论文的数量及质量。许多博士学生无法顺利取得博士学位、中退肄业，主要原因都是期刊论文的数量不足。 
论文发表等级第二级-A类：权威核心刊物论文，被国际通用的SCIE、EI、ISTP、SSCI以及A&HCI检索系统所收录的论文(以中国科技信息研究所检索为准)，或同一学科在国内具有权威影响的中文核心刊物上发表的论文，论文不含报道性综述、摘要、消息等。论文发表等级第三级-B类重要核心刊物论文，在国外核心期刊上刊登的论文(见《国外科技核心期刊手册》)或在国内同一学科的中文核心期刊中具有重要影响的刊物上发表的论文。论文发表等级第四级-C类：一般核心刊物论文，在《全国中文核心期刊要目总览》刊物上发表的论文。由中国知网、中国学术期刊网和北京大学图书馆期刊工作研究会联合发布中文核心期刊目录。1992年推出《中文核心期刊目录总览》，1996年推出(第二版)，2000年推出(第三版)，2004年推出(第四版)，2008年推出(第五版)，2011年推出(第六版)，第七版(2014版)论文发表等级第五级-D类：一般公开刊物论文，在国内公开发行的刊物上双刊号期刊(有期刊号“CN”“ISSN”，有邮发代号)发表的论文。
期刊论文就是发表在国家正规期刊的论文，有学术性与非学术性之分。包括教育教学累、经济管理类、医药医学类（含护理）、文学艺术类、科技工程类、社科综合等类别。当然，以上是我自己总结的，有可能不全，当个参考吧
