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1、区别：参考文献是作者撰写论著时所引用的已公开发表的文献书目，集中列表于文末；注释主要包括释义性注释和引文注释，一般排印在该页地脚或集中列于文末参考文献表之前。2、注释。是对书籍或文章的语汇、内容、背景、引文作介绍、评议的文字。为了保障原作者的著作权。3、参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。按照字面的意思，参考文献是文章或著作等写作过程中参考过的文献。然而，按照GB/T 7714—2005《文后参考文献著录规则》的定义，文后参考文献是指：“为撰写或编辑论文和著作而引用的有关文献信息资源。”根据《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范（试行）》和《中国高等学校社会科学学报编排规范（修订版）》的要求，很多刊物对参考文献和注释作出区分，将注释规定为“对正文中某一内容作进一步解释或补充说明的文字”，列于文末并与参考文献分列或置于当页脚地。 
注释是对文章中细节问题的解释说明，参考文献是指论文写作过程中参考过、借鉴过、引用过哪些资料，资料的来源。注释一般在每一页的底部，当然也可以放在文章的结尾。参考文献则一定是在文章结尾
如果论文中某句话是直接引用别人论文的内容，就加注释。如果在写论文过程中看了别人的文章并有所启发，但没有直接引用别人的观点，那就加参考文献。一般注释需在正文中有序号与之一一对应，但参考文献只需在文章最后列出所有你在写文章时参考过的文章即可。
参考文献是作者撰写论著时所引用的已公开发表的文献书目，集中列表于文末；注释主要包括释义性注释和引文注释，一般排印在该页地脚或集中列于文末参考文献表之前。释义性注释是对论著正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明；引文注释包括各种不宜列入文后参考文献的引文和个别文后参考文献的节略形式参考文献是作者撰写论著时所引用的已公开发表的文献书目，集中列表于文末；注释主要包括释义性注释和引文注释，一般排印在该页地脚或集中列于文末参考文献表之前。释义性注释是对论著正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明；引文注释包括各种不宜列入文后参考文献的引文和个别文后参考文献的节略形式。
关于二者的区别，《中国学术期刊(光盘版)技术标准规范》明确从内容、形式、编排位置等方面试图对二者做出区分。“参考文献是作者写作论著时所参考的文献书目，一般集中列表于文未;注释是对论著正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明，一般排印在该页地脚。参考文献序号用方括号标注，而注释用数字加圆圈标注(如①、②)。”这种规定，努力将二者区分开来，在实际写作中也具有较强的可操作性，并在实际操作中常常出现这样两种情况：一是引文一律被当作参考文献处理，二是论文中的注释极少或者说大多没有。
