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应用理论研究是理论研究,理论研究和应用研究就有区别了。无所谓哪个论文好些,关键你擅长写哪种,即你拥有的资源方便写哪个。如果“一穷二白”,那还是应用研究吧。理论研究要求的“功底”更深。 
培养方向不同1、全日制学术型硕士教育以培养教学和科研人才为主,授予学位的类型主要是学术型学位。2、专业硕士是具有职业背景的硕士学位,为培养特定职业高层次专门人才而设置。招生条件不同1、全日制学术型硕士则不需要报考者有一定年限的工作经历。2、专业硕士要求报考者有一定年限的工作经历,绝大多数专业硕士还要求在职人员报考需经所在单位或相应管理部门的同意,有的甚至要求所在单位推荐等。主要准则:基础研究是为了认识现象,获取关于现象和事实的基本原理的知识,而不考虑其直接的应用,应用研究在获得知识的过程中具有特定的应用目的。