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微生物大多数是有益的。比如动物体内含有很多种微生物，绝大部分不致病，甚至有益健康。在食品领域的典型应用比如乳酸菌发酵等，医药雪中利用微生物产生抗生素，在科研领域中微生物可以作为基因工程的工具，等等。当然少数微生物也有害，甚至致命，比如造成人、动物、植物的疾病，食物腐败和产毒，等等。总体上来说，微生物对人的利大于弊，而且也视利用角度来看，同样一种微生物，从不同的角度来看有利也有害。人是离不开微生物的环境的。 
微生物有害的作用：1、导致传染病的流行。在人类疾病中有50％是由病毒引起。2、有些微生物是腐败性的，即引起食品气味和组织结构发生不良变化。当然有些微生物是有益的，它们可用来生产如奶酪，面包，泡菜，啤酒和葡萄酒。（这点相当于上面所说的做为分解者）3、微生物能够致病，能够造成食品、布匹、皮革等发霉腐烂。微生物有益的作用：1、很多菌种的次级代谢产物是对人类疾病非常有用的抗生素。如绿色丝状菌产生的青霉素。2、一些微生物被广泛应用于工业发酵，生产乙醇、食品及各种酶制剂等；一部分微生物能够降解塑料、处理废水废气等等，并且可再生资源的潜力极大，称为环保微生物。扩展资料微生物通常具有极其高效的生物化学转化能力。据研究，乳糖菌在1个小时之内能够分解其自身重量1000-10000倍的乳糖，产朊假丝酵母菌的蛋白合成能力是大豆蛋白合成能力的100倍。相比于大型动物，微生物具有极高的生长繁殖速度。大肠杆菌能够在5-20分钟内繁殖1次。不妨计算一下，1个大肠杆菌假设20分钟分裂1次，1小时3次。大概可产生4722366500万亿个，这是非常巨大的数字。但事实上，由于各种条件的限制，如营养缺失、竞争加剧、生存环境恶化等原因，微生物无法完全达到这种指数级增长。微生物的这一特性使其在工业上有广泛的应用，如发酵、单细胞蛋白等。微生物是人类不可或缺的好朋友。参考资料来源：百度百科-微生物
微生物的繁殖可以使分解有机物微生物可以使人患病如脚气病等有的微生物可以发酵如酵母菌等微生物有的微生物可以制作成药物如青霉素 总之微生物是对人有益处 也有害处
一部分微生物携带着病菌 对人体是有害的而一些微生物在农业工业医学领域上都很有用，它们可以分解那些在自然状态下难以分解的物质。而且像酵母菌，乳酸菌等还可以用来发酵。总之是好处多多，坏处也不少
好处：肠道微生物形成肠道微环境等等，还有一些环境微生物作为分解者参与生态系统坏处：各种致病性
