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利用固氮微生物进行生物固氮，能提高作物产量。如大豆根瘤菌。且利用能够导致农业害虫至病或者分泌物能直接毒死害虫的微生物，减少害虫对农作物的危害，成本低且能维持生态平衡。减少化学农药的应用 减少对坏境的污染 减少有害物质富集对人体带来的危害。如BT食用菌是一类能够为人类直接食用的微生物，如蘑菇有机肥料是利用农业生产和生活废弃的有机物料，通过微生物发酵积制而成的含有大量有机质和多种营养元素的肥料。有机肥料本身具有的改土、培肥、增产和改善品质等作用进一步提高。微生物菌肥微生物肥料是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。 
微生物在农业中的作用1、分解土壤有机质，促进腐殖质形成，同时进行氮、磷、硫等养分的循环和转化；2、促进土壤的形成，改善土壤的理化性质，增强土壤酶活性，培肥土壤；3、促进植物生长；4、土壤呼吸的重要来源；5、污染环境修复，吸附和转化有机污染物和重金属。土壤微生物量是土壤重要的肥力指标和健康指标，研究利用土壤微生物可用于各种退化土壤生态系统的修复与重建以及发展持续农业。
