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有的有好处有的没好处如固氮微生物它可以将N2转换成NH3在由硝化细菌变成植物吸收的NO3-不好的如反硝化细菌在无氧的情况下将NO3-转变成N2降低土壤肥力所以要时常翻土以通氧 
农业微生物我知道的包括食用微生物,植物保护微生物,生产发酵微生物,降解循环微生物。微生物及其产品应用越来越广泛。可以利用其来治理病虫害,用来生产发酵产物,用来制药,随着生物技术在中国的兴起,农业微生物会越来越好
微生物在农业中的作用1、分解土壤有机质,促进腐殖质形成,同时进行氮、磷、硫等养分的循环和转化;2、促进土壤的形成,改善土壤的理化性质,增强土壤酶活性,培肥土壤;3、促进植物生长;4、土壤呼吸的重要来源;5、污染环境修复,吸附和转化有机污染物和重金属。土壤微生物量是土壤重要的肥力指标和健康指标,研究利用土壤微生物可用于各种退化土壤生态系统的修复与重建以及发展持续农业。