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是的。本身就是两个概念啊， 
如果论文中某句话是直接引用别人论文的内容，就加注释。如果在写论文过程中看了别人的文章并有所启发，但没有直接引用别人的观点，那就加参考文献。一般注释需在正文中有序号与之一一对应，但参考文献只需在文章最后列出所有你在写文章时参考过的文章即可。
脚注和参考文献是不重合的，参考文献不用解释，就是参考过的或者直接引用的文献，做出标注，一般写于文章末尾，脚注一般写于每一页的最后，脚注主要运用于对数字或者某句话或者某个词语的详细解释，主要是文中无法说清某个词语，或详细解释某个词语影响文章阅读的情况下，要脚注说明。例如，学而时习之，不亦说乎，脚注就是对这句话的解释，学到了知识或本领，并有时间有机会去不断地实践它，不也是件快乐的事，参考文献就是论语学而。
