冰山上
脚注和参考文献是不重合的，参考文献不用解释，就是参考过的或者直接引用的文献，做出标注，一般写于文章末尾，脚注一般写于每一页的最后，脚注主要运用于对数字或者某句话或者某个词语的详细解释，主要是文中无法说清某个词语，或详细解释某个词语影响文章阅读的情况下，要脚注说明。例如，学而时习之，不亦说乎，脚注就是对这句话的解释，学到了知识或本领，并有时间有机会去不断地实践它，不也是件快乐的事，参考文献就是论语学而。 
参考文献是引用人家已发表的观点或者文章或者实验结果等，需要在引用的那段话后面加[1][2]这样的上标，然后文章末尾列“参考文献”时与文中的上标相对应。脚注一般在文章第一页，在正文部分的左下侧，是写作者的个人信息，例如作者，哪里人等信息或通讯作者的信息，这篇发表的这篇文章是哪个项目或者基金的组成部分。你可以下载一篇已发表的文章进行对照比较，就很容易懂了！
脚注就是可以附在文章页面的最底端的，对某些东西加以说明，印在书页下端的注文。参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。按照字面的意思，参考文献是文章或著作等写作过程中参考过的文献。然而，按照GB/T 7714—2005《文后参考文献著录规则》的定义，文后参考文献是指：“为撰写或编辑论文和著作而引用的有关文献信息资源。”根据《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范（试行）》和《中国高等学校社会科学学报编排规范（修订版）》的要求，很多刊物对参考文献和注释作出区分，将注释规定为“对正文中某一内容作进一步解释或补充说明的文字”，列于文末并与参考文献分列或置于当页脚地。
