Wangkun
你的问题问的太宽泛了,我就是搞建模的,都不到从何开始回答你,想要进一步讨论的话可以hi我。论文七大部分肯定是必不可少的:问题重述,模型假设,问题分析,模型建立,模型求解,结果分析及检验,(包括灵敏度分析,如果需要的话)模型推广,当然还得有目录和摘要以及参考文献了 
评价优缺点可以从以下方面来评价: 论文思路:是否清晰,严谨 模型是否具有一般性,有没有缺陷 假设条件是否合理 所用的方法是否创新,有新意,很重要 能否巧妙的提取模型,合理解决问题,很重要 论文是否文字严谨,及其摘要,问题分析是否略显累赘或者是否体现出工作的全部了 排版问题,表格图表是否美观