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要看你索引的字数以及你们学校的规定。索引的字数不要太多,最好不要大段大段的引用,而且也得看你们学校的规定,有的学校查重的时候只看抄袭率,有时你引用自己的也算抄袭,的确很无奈。有的学校查重的时候会看你引文的出处,如果有出处,那么就不算了。所以最关键的还是要看学校会“怎么办”。当然,你最后查重用的是知网而不是万方,所以万方就算查重是0%也没有什么权威性,因为二者的差距还是比较大的,所以我建议你用知网CNKI去查重,这样比较保险。更重要的是,知网查重时很少会根据你的参考文献而去排除你抄袭的引文,也就是说,你所引用的文字,在知网上还是算重复率的,所以你要么少引用,要么把引用的加以修改~ 
很多系统检测的都是正文,摘要,致谢部分,非正文部分包括参考文献是不参与检测的。但是你可以一起放进去,也是不会检测的,没有影响的。
可以肯定的告诉大家,正规的毕业论文查重是不包括参考文献的,所以可以放进去一起,参考文献并不在毕业论文查重范畴内。不过参考文献的格式要符合要求才能被系统识别到,否则该部分不会被排除到查重范围外。有些同学可能会问,为什么查重报告中自己的参考文献部分被标红了呢?有以下两个原因,可能论文作者用的不是正规的查重系统,无法识别出参考文献部分,导致飘红;二是参考文献的格式不正确,没有被查重系统识别出来。建议到paperpp这类正规查重平台检测论文,避免不必要的麻烦。
具体步骤如下:以常用的WPS文档为例。由于查重报告多为PDF格式,可以采用复制粘贴的方法实现。打开查重报告的PDF文档,左键单击后,点击右键,选择【复制】。接着打开自己的文档,翻到最后,点击右键选择【粘贴】即可。粘贴后如果该图片没有单独占一页,可以使用回车键将它调整为单独的一页。WPS文档还有以下常用技巧:“撤销”和“恢复”是办公中高频使用的功能,如果操作的步骤较多, WPS 默认的撤销/恢复数量可能会出现不够用的情况。这时只需打开「文件 - 编辑」菜单,就能自定义设置撤销/恢复操作步骤了。WPS 文字目前最多可将撤销/恢复步数设置为 1024 次, WPS 演示最多可设置 150 次。光线比较暗的情况下,办公体验往往也会受到影响。为此,WPS 推出了全新的暗色调模式(界面),在「皮肤中心」中可以根据需要选择跟随系统、亮色调、暗色调,让软件的使用体验变得更佳。