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没关系。考研对论文没有硬性规定，只要写了论文拿到毕业证学位证就可以了，本科论文暂时就这么个用处。不过长远考虑的话，如果考研还是本专业，本科论文对找导师、写硕士论文还是有帮助的。毕竟论文是对大学四年的总结，有精力就好好写吧，不过现在的本科论文也都差不多，天下文章一大抄，想在本科论文中作出什么成就一般不可能，看楼主的能力和精力量力而行。考研只看笔试成绩和面试成绩，很少会看毕业论文（应届生），往届生有也是锦上添花，不会有实质性的提升作用。 
说句老实话，要说完全没有关系呢，不对。要说关系很大的话，也不对。其实实话实说，这个和导师有很大关系。但导师看中的是你各方面的基础和人格。就单一的一个毕业设计内容其实在其所占的比例并不大。我觉得问题不大，你不应该为此缚手缚脚。如果你实在不放心的话，当面问下你导师即可。
