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霉菌在食品加工工业中用途十分广泛，许多酿造发酵食品、食品原料的制造，如豆腐乳、豆豉、酱、酱油、柠檬酸等都是在霉菌的参与下生产加工出来的。绝大多数霉菌能把加工所用原料中的淀粉、糖类等碳水化合物、蛋白质等含氮化合物及其它种类的化合物进行转化，制造出多种多样的食品、调味品及食品添加剂。不过，在许多食品制造中，除了利用霉菌以外，还要有细菌、酵母的共同作用下来完成。在食品酿造业中，常常以淀粉质为主要原料。只有将淀粉转化为糖才能被酵母菌及细菌利用。 
微生物在食品工业中应用很广泛，比如和我们最密切的馒头，就是微生物发酵后蒸制而成的，还有泡菜也是微生物发酵后处理一下就可以食用了。酒类也是这样：粮食经发酵后蒸馏，勾兑就成了。当然每种食品需要的菌种不同。根据需要选择最合适的菌种就是了。
