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分子是独立存在而保持物质化学性质的最小粒子。分子有一定的大小和质量；分子间有一定的间隔；分子在不停的运动；分子间有一定的作用力；分子可以构成物质，分子在化学变化中还可以被分成更小的微粒：原子分子可以随着温度的变化，在3态中互相转换。同种分子性质相同，不同种分子性质不同。最小的分子是氢分子的同位素，是没有中子的氢分子，称为氕，质量是大的分子其相对分子质量可高达几百万以上。相对分子质量在数千以上的分子叫做高分子。分子是组成物质的微小单元，它是能够独立存在并保持物质原有的一切化学性质的最小微粒．分子一般由更小的微粒原子构成．按照组成分子的原子个数可分为单原子分子，双原子分子及多原子分子；按照电性结构可分为有极分子和无极分子．不同物质的分子其微观结构，形状不同，分子的理想模型是把它看作球型，其直径大小为10^-10m数量级。分子质量的数量级约为10^-26kg。原子（atom）指化学反应的基本微粒，原子在化学反应中不可分割。原子直径的数量级大约是10^-10m。原子质量极小，且9%集中在原子核。原子核外分布着电子电子跃迁产生光谱，电子决定了一个元素的化学性质，并且对原子的磁性有着很大的影响。所有质子数相同的原子组成元素，每一种元素至少有一种不稳定的同位素，可以进行放射性衰变。原子最早是哲学上具有本体论意义的抽象概念，随着人类认识的进步，原子逐渐从抽象的概念逐渐成为科学的理论。 
分子结构是指分子内原子或者原子团的连接方式原子结构是指原子内质子中子和电子的排列结构
世界上物质有两类：简单物质是只由一种“元素”组成的物质，复合物质是由两种或多种元素组成的化合物。比如碳是由一乙炔是最易爆炸的碳氢化合物，两碳原子之间由三兼相连，是生产丙烯酸纤维和合成橡胶的原料。种元素组成的简单物质。糖就是化合的物质，它是由碳、氢、氧等元素组成的化合物。元素的最小成分是原子，化合物的最小成分是分子。同一种元素的两个或多个原子的结合体也称为分子。
分子和原子的概念是统一的，不存在物理中或化学中的分子，分子至少是二个以上原子组成的
有的分子就是1个原子，如金属单质，有的分子含有多个原子，如O2，H2O等，分子，原子，离子都可构成物质，离子构成的物质如NaCl等
