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微生物在农业中的作用1、分解土壤有机质，促进腐殖质形成，同时进行氮、磷、硫等养分的循环和转化；2、促进土壤的形成，改善土壤的理化性质，增强土壤酶活性，培肥土壤；3、促进植物生长；4、土壤呼吸的重要来源；5、污染环境修复，吸附和转化有机污染物和重金属。土壤微生物量是土壤重要的肥力指标和健康指标，研究利用土壤微生物可用于各种退化土壤生态系统的修复与重建以及发展持续农业。 
微生物在工农业生产中的应用，涵盖了医药制造、食品加工、化工生产、冶金采油、污水处理、创新能源等多个领域。特别值得重视的是，微生物在物质循环中的巨大作用，可以说自然界所有的物质循环都是靠微生物的作用实现的，如果不是微生物的存在，自然界生物体的遗骸早已堆积如山。由微生物降解有机物向自然界提供的碳元素每年高达950亿吨。正是因为有微生物的存在，地球上的各种生物材料和元素才得以周而复始。微生物不仅有适应各种环境和条件的特殊功能，而且有利用各种原料、制作各种产品的独特作用。一些极端微生物可以生活于高寒、高温、高压、高酸、高碱等多种其他生物难以承受的环境中。因此，微生物有着广阔的应用前景。
利用固氮微生物进行生物固氮，能提高作物产量。如大豆根瘤菌。且利用能够导致农业害虫至病或者分泌物能直接毒死害虫的微生物，减少害虫对农作物的危害，成本低且能维持生态平衡。减少化学农药的应用 减少对坏境的污染 减少有害物质富集对人体带来的危害。如BT食用菌是一类能够为人类直接食用的微生物，如蘑菇有机肥料是利用农业生产和生活废弃的有机物料，通过微生物发酵积制而成的含有大量有机质和多种营养元素的肥料。有机肥料本身具有的改土、培肥、增产和改善品质等作用进一步提高。微生物菌肥微生物肥料是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。
