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人们对于转基因生物和转基因食品的忧虑主要有两个方面，一是对人体健康是否有害，一是对生态环境是否构成潜在威胁。 对于人体，基因的某种转移也许会产生新的毒素和过敏原，引起意想不到的中毒或过敏反应。例如，一些科学家发现，转基因食品可令肝脏发大；英国科学家普斯陶伊实验，连续喂食老鼠基因改良土豆，发现部分老鼠的肾、脾。大脑等器官收缩或发育不正常，免疫系统变弱，等等。 20世纪80年代以来，生物技术领域中基因工程技术取得突破性的进展。通过生物遗传信息的人为操作进行转移，使植物、动物和微生物的生物特性进行改变，利用基因工程技术这各种可以打破生物种属间的自然隔离屏障进行人为转移，新的遗传工程体正源源不断问世。这一新的发展势态，一方面展示出先进科学技术在生产上的巨大的应用前景，另一方面也预示着可能带来人体其他键康和对生态环境引发不利影响。基于这种目的，在生物技术迅速发展的同时，相应地加强基因工程工作的安全性管理，既是十分必要的，又是非常紧迫的。农业生物基因工程安全管理的总原则是，既要有利于促进基因工程技术的发展，又积极致力于保障人体健康和生态环境的安全。为此农业部自1994年6月至10月邀请了数十位著名教授、专家意见，终于完成了《农业生物基因工程安全管理实施办法》的起草任务。经农业部常务会议审通过，于1996年7月以部长令签发，11月8日正式公布施行，截止1998年5月共受理了基因工程安全评价申请书86份，经安全性评审后，审批公布。从而使农业生物基因工程工作做到有法可依，有章可循，对农业系统和非农业系统的有关农业生物基因工程实施安全性管理。随着市场经济的发展，《中国农业生物基因工程安全管理实施办法》的贯彻执行，对于国产农业生物基因工程体及其产品的进入国际市场加强了信誉感。专家号召建立转基因植物安全性评估中心和相关技术体系，为转基因食品安全性研究提供科学依据；加强对公众的宣传和教育，提高对转基因食品的接受性 
转基因水稻安全性引发争论 2009年11月27日，农业部批准了两种转基因水稻、一种转基因玉米的安全证书，获得两个转基因水稻安全证书的是华中农业大学张启发教授及其同事。这是中国首次为转基因水稻颁发安全证书。 安全证书是转基因作物品种上市之前最难的一个关口，这意味着该品种的生产性试验结束并获得农业主管部门认可，技术方面的障碍基本扫除，接下来就可以申请生产许可证了。 作为全球最大的水稻生产和消费国，中国即将打开转基因水稻商业化种植的“闸门”，但这也引起了担忧。 中国科学院植物研究所研究员蒋高明介绍，转基因水稻是在水稻中引入抗虫基因，使得水稻能分泌一种BT毒蛋白物质，虫子食用后会被毒死，因而能够产生防虫效果。“但水稻是人类的主粮，昆虫无法下口，人类长期食用难道就没有害处吗？”蒋高明质疑。 近年来，转基因食品的安全性引起很大的争议。2007年，法国科学家证实，世界最大的种子公司美国孟山都公司出产的一种转基因玉米对人体肝脏和肾脏具有毒性。2008年，美国科学家也证实了长时间喂食转基因玉米的小白鼠免疫系统会受到损害，该研究成果发表在同年《农业与食品化学》杂志上。2009年12月22日，法国生物技术委员会最终宣布，转基因玉米“弊大于利”。 蒋高明认为，转基因至少存在三方面的不确定性：一是转基因对生命结构改变后的连锁反应不确定；二是转基因导致食物链“潜在风险”不确定；三是转基因污染、增殖、扩散及其清除途径不确定。 “在这种背景下，我们带头将转基因引入13亿人的主食，害莫大焉！转基因生物一旦出了问题，根本无法控制。”他说。
