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毕业论文使用的是尾注，尾注和参考文献的区别在于所属领域不同：尾注是属于格式上的划分，参考文献是论文内容上的划分。本科论文格式要看每个学校的具体要求。一般来说脚注尾注都能用到。论文注释按照注释放置的位置可以分为当页脚注和参考文献。当页页下的脚注就是在该页面对本页文中引用的文献资料进行注释，而参考文献就是把所有的参考文献放在论文的最末尾，单独作为一个部分。参考文献是用尾注的。参考文献是引用人家已发表的观点或者文章或者实验结果等，需要在引用的那段话后面加[1][2]这样的上标，然后文章末尾列“参考文献”时与文中的上标相对应。 
注释，著作权法术语，指对文字作品中的字、词、句进行解释。目的是为了让别人和自己很容易看懂。为了让别人一看就知道这段代码是做什么用的对书籍或文章的语汇、内容、背景、引文作介绍、评议的文字。包含的内容很广。诸凡字词音义、时间地点、人物事迹、典故出处、时代背景都是注释对象。有脚注、篇末注、夹注等形式。古籍注释列在正文之中，有双行夹注和夹注。现代书籍注释列于正文当页之下，称脚注，亦称本面注；列于文章之后或列于书籍之后者称篇末注。 参考文献，著作权法术语，指撰写或编辑论著而引用的有关图书资料称之为参考文献，参考文献是出版物不可缺少的重要组成部分。凡引用前人或他人的观点、数据和材料等都要在文中出现的地方标明，并在文末或书末列出，这项工作叫参考文献。
脚注是指你文章但中完全引用别人的东西，而参考是你看了那些资料对你写论文有启发的有帮助的。脚注是标注在每一页的下面，参考文献是放在论文后面的。
特点不同：一般尾注是为了解释说明相关内容的，而参考文献是来说明正文内容的来源。脚注一般位于页面的底部，可以作为文档某处内容的注释。适用不同：脚注是解释正文中某一个词和句，不便于在正文中解释，怕影响正文的连续性，而在页脚上面插入解释。尾注与题注的形式差不多，一般用于这句话或者段落了，出自何处。在全文尾部给予说明，与正文资料相差很远。参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。Word脚注设置技巧默认情况下，Word用一条细实线把脚注和尾注与文档的正文分隔开来。要修改这条分隔线并不困难，关键在于要知道在哪里修改。选择菜单“视图”→“普通”，确保文档以“普通”视图显示，然后选择“视图”→“脚注”打开脚注窗格。如果文档只包含脚注或只包含尾注，Word自动打开适当的窗格；如果文档既有脚注又有尾注，Word将询问要打开哪个窗格，选择适当的窗格然后点击“确定”。打开脚注窗格上方的下拉列表，可以看到脚注分隔符、脚注延续分隔符、脚注延续标记等选项。选择要修改的项目，窗格中会显示出当前的符号，现在你可以随心所欲地修改它了。
脚注就是可以附在文章页面的最底端的，对某些东西加以说明，印在书页下端的注文。参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。按照字面的意思，参考文献是文章或著作等写作过程中参考过的文献。然而，按照GB/T 7714—2005《文后参考文献著录规则》的定义，文后参考文献是指：“为撰写或编辑论文和著作而引用的有关文献信息资源。”根据《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范（试行）》和《中国高等学校社会科学学报编排规范（修订版）》的要求，很多刊物对参考文献和注释作出区分，将注释规定为“对正文中某一内容作进一步解释或补充说明的文字”，列于文末并与参考文献分列或置于当页脚地。
