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微生物与免疫学是中药学专业基础课，属限选课程。微生物学与免疫学的基本任务是使学生掌握微生物学与免疫学的基本概念、基本技术及其初步应用。重点任务是使学生明确病原微生物的生物学特性、致病与免疫机制、检验诊断要点及特异性防治原则，通过本课程的学习，培养学生实验操作能力，良好的学习习惯与严谨的科学思维方式，为进一步学习生物制药工艺学、分子生物学、药理学等学科打下良好基础。同时也为开发研制与微生物有关的药物，保证和控制药品质量提供良好技术人才，从而更有效地防治疾病，保障人民身体健康。微生物学与免疫学是即是基础学科又是应用学科。因此课堂教学要求理论密切联系实际，要贯彻少而精的原则、注重启发式教学、发挥学生的主动性和创造性。要充分利用图表、幻灯、投影仪、录像等教学设备，以提高教学效果。 还应注意介绍国内外研究微生物学与免疫学的最新成果和新进展，不断地赋予它新的教学内容。主要研究与医学有关的病原微生物的生物学特性、致病和免疫机制、特异性诊断以及防治措施，以控制和消灭感染性疾病及与之相关的免疫损伤等疾病，达到保障和提高人类健康水平的目的。 
微生物生态学是研究微生物与生物、非生物环境之间相互作用的现象、过程和机理。主要研究内容有：1 研究微生物生态学所用的传统和现代分子生物学方法；2 在正常自然环境中的微生物种类、分布及其随着不同的环境条件变化而发生的变化规律；3 在极端自然环境中的微生物种类和它们所起的作用，在极端环境中微生物的生命机理；4 在自然界中微生物之间的相互关系，微生物与动植物之间的相互关系，这些相互关系对自然界的影响和环境因素对这些相互关系的影响
