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理论研究和应用研究的区别：1、本质不同理论研究：是一种实验或理论研究，目的在于获回得有关现象和可观察到事实的基本原理的新知识。应用研究：为获得新知识而进行的创造性研究，集中于特定的目的或目标。2、特点不同理论研究：不用于任何特定或特定的应用或用途。其成果主要以科学论文和科学着作的形式出现。体现知识的独创能力。应用研究：为基础研究的结果确定可能的用途，或探索为达到预定目标应采用的新方法（原语）或方法。3、准则不同理论研究：成果具有超前性，基础研究的重大突破对提高人们认识世界和改造世界的能力。应用研究：在获得知识的过程中具有特定的应用目的。综合研究把不同种类，不同性质的事物组合在一起。如综合治理，综合平衡综，合大学，综合艺术等。理论研究的特点1、具有特定的实际目的或应用目标，为了确定基础研究成果可能的用途，或为达到预定的目标探索应采取的新方法或新途径。2、在围绕特定目的或目标进行研究的过程中获取新的知识，为解决实际问题提供科学依据。3、研究结果一般只影响科学技术的有限范围，并具有专门的性质，针对具体的领域、问题或情况，其成果形式以科学论文、专著、原理性模型或发明专利为主。一般可以这样说，所谓应用研究，就是将理论发展成为实际运用的形式。 
基础研究是书面上的，应用研究是实际操作上的。一个是书面知识而另一个是动手能力，所以这才是他俩的本质区别。
首先基础的研究只是一个起步的阶段，还不能适用于临床，而且还在科研的阶段，应用的研究是可以进入临床试验，可以达到临床的试验，而且有初步的效果，还有对药物有修复的研究，这两者最本质的区别就是什么时候可以适用于人体研究。
研究目的不同：基础研究是弄清基本的概念基本的方法，应用研究是弄清具体的问题如何为具体对象服务。
关于基础研究而言，是为了认识现象，获取关于现象和事实的基本原理的知识，而不考虑其直接的应用，应用研究在获得知识的过程中具有特定的应用目的。
