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案件查办过程中，相关高校认真履行主体责任，对涉及本单位人员的问题严肃调查处理，不回避、不包庇，对此应予肯定。上述案件也反映出，有的项目承担单位在项目和经费管理上不履责甚至弄虚作假、乱作为，少数科研人员学风浮躁、学术失范、诚信失守。这些问题严重破坏了科研管理秩序，严重损害了科技创新良好生态，对我国科技创新事业发展和科技界整体形象造成了恶劣影响，必须坚决制止、严肃惩处。 
科技部网站于9月16日发布《关于论文造假等违规案件查处结果的通报》，披露了9起涉及购买论文、违反论文署名规范、套取财政科研资金的违规案件处理结果。相关责任人分别被处以终止承担的国家项目、追回项目资金、停止研究生招生资格、终止或撤销相关荣誉称号、追回科研奖励资金等处罚。
在读学生，会直接开除学籍；已经毕业，但在申请学位的，会取消涉事人的学位申请资格；已获得学位的，撤销涉事人的学位资格并且从处罚开始之日起三年内不得再次申请。
国家发改委新闻发言人孟玮表示，在论文造假、考试作弊问题治理领域，近日中办、国办印发《关于进一步弘扬科学家精神加强作风和学风建设的意见》，明确指出，严肃查处违背科研诚信要求的行为，并视情节追回责任人所获利益，按程序记入科研诚信严重失信行为数据库，实行“零容忍”，在晋升使用、表彰激励、参与项目等方面“一票否决” 。
一、中国医科大学肿瘤医院张睿购买论文问题，二、中国医科大学肿瘤医院于韬购买论文问题 ，三、青岛大学附属医院张坚购买论文问题 ，四、福建医科大学附属漳州市医院蔡丽生购买论文问题 ，五、南京医科大学附属苏州医院王贞购买论文问题，六、山东大学王秀丽购买论文问题，七、南京理工大学陆伟购买论文问题，八、河南大学第一附属医院孙明飞违反论文署名规范问题，九、北京华油冠昌环保能源科技发展有限公司套取财政科研资金问题。
教学部规定，对这种行为，如果是未取的学位的，撤销其学位申领资格；已获得学位的，撤销其学位资格，同时自处理之日起三年内，剥夺其学位申请的资格，如果是在读学生还可开学除其学籍。
论文造假违规会对不同的涉事人做出不同的处罚，对于尚未获得学位而进行论文造假，取消涉事人的学位申请资格、在获得学位后被发现论文造假，则撤销涉事人的学位资格并且从处罚开始之日起三年内，禁止涉事人进行任何学位申请、是在读学生被发现论文造假，除了撤销学位申请资格外还会开除学籍、是在职人员论文造假，不仅撤销相关学位资格，而且涉事人还需要接受所在单位的纪律处分。
