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简单说,比如你是6月1日申请专利的,在6月1日之前你都不能有公开的文件,论文等。 
如果文章有在专门的期刊或杂志有发表出来,哪么再申请专利不是不行,除非你申请的专利技术跟发表的略有不同,完全一样的话,哪么你申请的专利会受发表文章的影响,可以授权不了,因为你发表文章,相当于这个技术公之于众了,大家都知道了,你再申请专利,国家知识产权局不会保护你这技术了。
不会影响。论文要公开了才是现有技术,没公开当然不会影响你导师专利的新颖性了。
如果光是申报的话,应该是没问题的但是这个东西牵扯到以后一个维权的问题你导师9月份申请专利,如果通过国家专利局授权,其授权的时间应该是超过12月了,万一以后有别人用到你导师的这个技术,那么你们很难告他侵权,因为他可以找到更早的公知文献——也就是你12月份发表的论文。
不会的,如果没有公开发表,您的文章是不是会公开查询到的,自然也不影响到你导师的申请
发表的内容对专利申请有不利影响,甚至会导致无法专利授权。那些未发表的内容可以申请专利。