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为了进一步培养高层次的僧才，发扬闽院数十年来注重人才培养的优良传统，造就一批跨世纪佛教的僧才，在长期坚持本科教育的基础上，决定自1999年2月起，开设研究生教育，提高闽院的整体水平，并且已于2002年2月第一届七名硕士研究生通过严格的答辩毕业。闽院第一届研究生班聘请到中国人民大学博士生导师方立天教授、北京大学楼宇烈教授、中国社会科学院杨曾文教授、方广锠教授。现今第二届研究生班聘请了南京大学博士生导师赖永海教授、四川大学哲学宗教系陈兵教授、复旦大学哲学系宗教室王雷泉教授。除聘请外校的教授外，还聘请了本院济群法师、向学法师，一共有九位导师。这次在闽院第七届毕业生中共招收六名研究生，开设华严、禅定学、唯识、三论、天台、佛学与儒学六个专业与宗教学原理、佛教文献学概论、中国古典名著选读、外语、文史专题讲座五门公共课。采用学分制，要求通过三年的学习，修满30个学分，最后通过论文答辩，达到爱国爱教、具有比较广博、专深的佛教知识、具有一定教学、弘法能力和独立研究能力、相当于普通高校硕士研究生水平的目标。今天的闽南佛学院环境设备优良、经典藏书丰富、师资阵容强大、院务管理精严、教学制度健全、继承传统丛林生活等特色。已成为国内汉传佛教佛学院中规模最大、学员最多、教学设施完善的重点佛学院。欢迎广大僧青年踊跃报考。 
闽南佛学院办院刊已有悠久的历史。早在二十年代，会泉老法师创办闽院时，先后创办过《现代僧伽》、《现代佛教》、《佛教公论》等期刊，1989年，闽南佛学院继承闽院办刊的优良传统，创办了《闽南佛学院学报》。学报每年发行二期。2001年，《闽南佛学院学报》决定改刊为《闽南佛学》，由正规出版社公开出版发行，成为国内为数不多的学术性刊物，每年出版一期。
