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可能是你的软件出了问题，正常情况是：角标不应该影响对齐方式，不应该出现这种现象。建议卸载软件，重新安装软件试试。 
我也遇到类似的问题，我的文章是经过审阅、加有批注和修改标记的文章，我发现要从根本上解决这个问题，需要先另建一个文件，审阅-更改-接受所有修订，然后就会发现，顺序都对了，不会有遗漏的脚注。接受所有修订还能解决其他两个可能会出现的问题：1、无法保存修改过字体格式的外文字母。2、图目录自动生成时有个别图表的题注无法在自动生成的目录中出现。如果你不想接受所有修订，还有一个办法。就是你将脚注的编号设置为：每页重新编号，不过如果在一页上恰好有“隐形”脚注的存在，可能还是会遇到，比如只有1、3、4，却没有2的情况，在这种情况下，可以这么做：将光标插到脚注1后面，点击插入脚注，可以看到在1后面就会出现2，然后你再把脚注1之后到你原本要插2的位置之前的所有文本剪切，粘贴到1和2 中间。就行了。
直接在脚注的最开头那里，就是脚注的数字和脚注正文那里，点击“退格”键，一般点两次就行了。这个我试了好久都不知道怎么办，一次偶然的机会竟然发现这个方法。
