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一般来说不用,比较正规的期刊都有自己的投稿系统,修改稿一般都有相应选项,比如会要求你上传对应的修改稿件,比如有的期刊会明确要求上传两个不同版本的Manuscript, 第一个标注修订的稿件,不标注修订的稿件。你想跟编辑说的话放在cover letter里面就行了,简单说几句,告诉编辑稿件编号,已经修改完毕云云即可。好点的期刊编辑都很忙的,没有重要的事情,比如:催稿。否则不要没事联系编辑。 
研究生毕业论文盲审通过了,但提了两条修改意见,这就不需要再送盲审了,再送盲审的要求是:如果是送两名专家一人未通过,如果是送三位专家,两人没通过,当然有的学校是即便是三人有两人通过也还要重送新的第三人。只是修订建议你也要和导师讨论是否需要修订和该如何修订。