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要讲区别,先说共同点:既然都是论文,就都有严谨的结构和规范的行文方式,比如摘要、前言、主体、结论,比如灵活与严谨并重的学院语言或学术语言等等区别:形式上,自然科学论文标题层级表示为1、1、;社会科学类则一般采用一、(一)、、(1)、①这样的形式内容上,自然科学类的论文以定量分析为主,社会科学类则主要采用的是定性分析的方法前者是求证性的,后者则是探索性的,当然求证和探索也可能出现交叉的情况 
学术论文是某一学术课题在实验性、理论性或预测性上具有的新的科学研究成果或创新见解和知识的科学记录,或是某种已知原理应用于实际上取得新进展的科学总结,用以提供学术会议上宣读、交流、讨论或学术刊物上发表,或用作其他用途的书面文件。
它必须具备"三性"。1、科学性。科学性是科学小论文有别于其他各类体裁文章的重要特点之一,是科学小论文的生命。它要求选题科学,研究的方法正确,论据确凿,论证合理且符合逻辑,文字简洁准确。2、创造性。小论文的选题、主要观点要有自己新的发现、独特的见解,而且对人们的生产生活等有一定的实际意义,同样的小论文没有参加过各级科学讨论会,也没有在各级报刊上发表过。当然,你如果在别人研究的基础上进一步研究,提出新颖、独到而又论据充分、言之有理的见解也是可行的,不失创造性。3、实践性。论文选题必须是作者本人在科学探索活动中发现的;支持主要观点的论据必须是作者通过观察、考察、实验等研究手段亲自获得的,有实践依据;论文必须是作者本人撰写的。不能有凭空捏造、猜测、成人包办代替的迹象。