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毕业论文查重还要看学校要求，有的学校是全部都提交，不过，参考文献是不参加查重的，查重系统自动识别参考文献并跳过，但如果参考文献格式不对，查重系统会当做正文进行查重并误判抄袭。 
以知网为例，知网查重是不包括参考文献的，参考文献并不在知网查重范围内。可是知网查重并不能识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被知网识别出来，这也就意味和只有参考文献的格式规范且正确的时候，知网才会将该部分参考文献排除出查重范畴，所以只要格式正确规范，那么本科毕业论文查重就不会包括参考文献。
这个得看学校要求吧，有的学校只要求正文查重，那么是不需要检测参考文献的，有的学校要求整篇都提交，那么参考文献就会检测。不过一般都是不查重的，就算是重复，重复率也没多少的。
①参考文献，是毕业论文最后边不可缺少的一部分。②查重，是根据你论文正文的内容，与论文库进行对比，得到重复的比例。结论：论文中必须要有参考文献部分，查重查的是你正文的内容。100个人引用的同一篇参考文献，除了序号不一样，标识符比如『期刊论文』、题目可能都一样，但是不计入重复比例。
毕业论文查重时是需要提供一本完整的论文，格式为PDF版，所以当然要提交文献了，但是查重系统是不会查此部分的，但是参考文献格式一定要对。
