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不同专业可能有所不同。我是工科。个人经验,都是比较差的数据才会拿去投会议,因为会议,只要交报名费,肯定是会收的。所以感觉水平第一点。当然会议论文里也有很好的文章。但是如果这个会议没有被杂志收录,将来被检索到的机会就比较小了。你的文章,不就浪费了吗? 
两者区别很大,容易被非学术人士误解。很多回答不够简明,通俗地说: 期刊论文(Journal paper):需要同行评审(peer review),通过率低,重要性较高。 会议论文(Conference paper):不需要评审,通过率高,重要性较低。一般来说:期刊论文重要性远大于会议论文。SCI、EI等论文,都是指期刊论文。在国内外一流高等学府,获得博士学位、高校职称评定、学术声望等,主要都是依据期刊论文的数量及质量。许多博士学生无法顺利取得博士学位、中退肄业,主要原因都是期刊论文的数量不足。